В 1941 году в оккупированном городе поселился приехавший с Украины игумен Селафиил (фамилия неизвестна). Испросив благословение у Таганрогского епископа Иосифа (Чернова), он приобрел небольшой дом в Северном поселке, под номером 152 по улице 1-й линии.
Богослужения в приспособленном помещении удалось начать после освобождения Таганрога в день Рождества Пресвятой Богородицы в 1943 году. Затем усилиями игумена и доброжелателей специально под церковь было сооружено небольшое простое здание, увенчанное крестом.
Каждый последующий священник украшал церковное здание в меру своего таланта и умения. Со временем при церкви выросла небольшая колокольня, а у храма появился купол.
По случаю юбилея и престольного праздника в храме была совершена Божественная литургия, торжественный молебен и крестный ход. Возглавил богослужение благочинный приходов Таганрогского округа протоиерей Алексий Лысиков. Он поздравил настоятеля протоиерея Иоанна Харченко и прихожан со знаменательной датой в истории прихода и передал в дар храму богослужебное напрестольное Евангелие.
Благочинный выразил слова благодарности протоиерею Иоанну Харченко, ведущему большую социальную деятельность; при храме организован православный медико-просветительский центр «Трезвение», проходит работа с людьми, страдающими алкогольной и наркотической зависимостью, в зимний период времени организовывается приготовление и раздача обедов малоимущим, действует молодёжный дискуссионный клуб.
По завершении богослужения состоялся праздничный концерт детской воскресной школы прихода.
